Softwarewerkzeuge der Bioinformatik


Dozenten: Prof. Dr. Volkhard Helms, Dr. Tihamér Geyer
Semester: Winter ‘09/’10

Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/previous-semesters/ss-2009/sww-bioinformatik/sww-bioinformatik-ss09

Im Bioinformatikstudium muss man viel programmieren. Das ist auch gut so. Dennoch hatte ich häufig das Gefühl etwas zu verpassen, denn nur sehr wenige Vorlesungen beschäftigen sich mit der Anwendung von Bioinformatiksoftware. Trotzdem wird erwartet, dass man zumindest die verbreiteten Tools, wie beispielsweise Proteindatenbanken und Alignmentsoftware benutzen kann, wenn es notwendig ist. Und notwendig wird es meistens spätestens bei der Abschlussarbeit.

In Softwarewerkzeuge lernt man nun genau das. Neben der Vorlesung gilt es 3 Projekte zu bearbeiten, jeweils in Zweiergruppen. Die Aufgaben bestehen aus kleinen Forschungsaufträgen, die man mit Hilfe von gängiger Bioinfo-Software lösen kann. So lernt man beispielsweise ClustalW und BLAST gut kennen.
Wenn man sich bei den Projekten Mühe gibt, kann man damit sogar am Schluss seine Note verbessern.

Um den Schein zu bekommen, muss man aber eigentlich nur die Klausur zum Ende der Vorlesung bestehen, was auch jeder schaffen kann. Wer den Bachelor mit der Vertiefungsrichtung “Angewandte Bioinformatik / BI” abschließen will, sollte darauf achten, dass diese Vorlesung dann als Praktikum der Bioinformatik verpflichtend zum Vorlesungsplan gehört.



Studiengebühren vor Wiedereinführung?


Offenbar hat die Regierung einen Antrag für das nächste Landtagsplenum vorbereitet, der darauf hinausläuft wieder Studiengebühren für die Mehrzahl der Studenten einzuführen.

Es soll lt. Saarbrücker Zeitung nicht nur eine Gebühr auf ein Zweitstudium erhoben werden, sondern auch für Langzeitstudenten. So weit hatte es die Regierung schon kurz nach der Regierungsbildung angekündigt. Dass man unter Langzeitstudenten jetzt allerdings alle Studenten versteht, die die Regelstudienzeit überschreiten, ist neu.

Das Wort Regelstudienzeit leitet sich leider nicht davon ab, dass es die Zeit ist, in der Studenten in der Regel mit dem Studium fertig werden… Es ist eine willkürlich festgelegte Anzahl von Semestern, die von mehr als der Hälfte der Absolventen überschritten wird.



Was ein Bioinformatiker braucht


Gerade zu Beginn eines Bioinformatik-Studiums hat man normalerweise keine konkrete Vorstellung davon, welche Fähigkeiten man später im Beruf braucht. Natürlich muss man “Programmieren” können, aber das ist immer noch eine sehr vage Umschreibung.

Die Autoren Joel T. Dudley und Atul J. Butte haben sich für uns den Kopf darüber zerbrochen, welche Skills und Kenntnisse in der Bioinformatik aktuell gebraucht werden. Ihr Artikel bietet haufenweise Tips und verwertbare Informationen. Nicht nur für Anfänger eine nützliche Lektüre!



Prof. Wahlster stellt Forderungen an Ministerpräsident Müller


Zum dritten Mal tagte gestern das Wirtschaftspolitische Forum der CDU Saar, und zwar auf dem Campus, im Gebäude des DFKI. Dort diskutierte der DFKI-Leiter und erfolgreiche Forscher Prof. Dr. Dr. h.c. mult. Wolfgang Wahlster mit dem saarländischen Ministerpräsidenten Peter Müller.

Eine besonders kontroverse Diskussion war nicht zu erwarten, denn der Professor und der Politiker kennen sich schon lange und sind sich in vielen Belangen einig. Im Jahr 2004 kürte Müller Wahlster zum Saarlandbotschafter. So fand Müller sogar die 4 Forderungen, die Wahlster an ihn in seiner Funktion als Regierungschef stellte, bescheiden.

Wahlsters Forderungen beziehen sich alle auf die an der Uni geleistete Spitzenforschung:

  1. In Zukunft soll es mehr öffentlich-private Partnerschaften im Umfeld der Universität geben.
  2. Komplementärfinanzierung
  3. Bereitstellung von Personal
  4. Langfristige Finanzierungszusagen

Ich höre in diesem Semester Wahlsters Vorlesung zum Thema Künstliche Intelligenz.
Bisher stellt sich mir die Veranstaltung als gut organisiert und thematisch weit gefächert und sehr interessant dar.



Absolventenfeier der Informatik (und Bioinformatik)


Am 28. Mai 2010 findet die nächste Akademische Abschlussfeier der Informatik statt. Dort werden den Absolventen des vergangenen Semesters in feierlichem Rahmen ihre Zeugnisse übergeben. Die geladenen Gäste (Absolventen + Anhang, Dozenten, vermutlich weiterer “staff”) werden darum gebeten, sich in Schale zu werfen.

Neben der Zeugnisvergabe wird es auch eine Würdigung der besten Absolventen geben. So wird zum Beispiel die Günter-Hotz-Medaille an die besten Master-Thesis-Verfasser (oder falls es noch welche gibt auch Informatik-Diplomanden) verliehen. Die besten Bachelors erhalten den FdSI-Bachelor-Preis, zu dem neben einer Urkunde auch ein Büchergutschein gehört. Diese Auszeichnungen sponsern die Freunde der Saarbrücker Informatik e.V.


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