Dozenten: Prof. Dr. Volkhard Helms, Dr. Tihamér Geyer
Semester: Winter ‘09/’10
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/previous-semesters/ss-2009/sww-bioinformatik/sww-bioinformatik-ss09

Im Bioinformatikstudium muss man viel programmieren. Das ist auch gut so. Dennoch hatte ich häufig das Gefühl etwas zu verpassen, denn nur sehr wenige Vorlesungen beschäftigen sich mit der Anwendung von Bioinformatiksoftware. Trotzdem wird erwartet, dass man zumindest die verbreiteten Tools, wie beispielsweise Proteindatenbanken und Alignmentsoftware benutzen kann, wenn es notwendig ist. Und notwendig wird es meistens spätestens bei der Abschlussarbeit.

In Softwarewerkzeuge lernt man nun genau das. Neben der Vorlesung gilt es 3 Projekte zu bearbeiten, jeweils in Zweiergruppen. Die Aufgaben bestehen aus kleinen Forschungsaufträgen, die man mit Hilfe von gängiger Bioinfo-Software lösen kann. So lernt man beispielsweise ClustalW und BLAST gut kennen.
Wenn man sich bei den Projekten Mühe gibt, kann man damit sogar am Schluss seine Note verbessern.

Um den Schein zu bekommen, muss man aber eigentlich nur die Klausur zum Ende der Vorlesung bestehen, was auch jeder schaffen kann. Wer den Bachelor mit der Vertiefungsrichtung “Angewandte Bioinformatik / BI” abschließen will, sollte darauf achten, dass diese Vorlesung dann als Praktikum der Bioinformatik verpflichtend zum Vorlesungsplan gehört.

Dozent: PD Dr. Michael Hutter
Semester: Winter ‘09/’10
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/ws-2009-10/special-topic-lecture-bioinformatics-modern/spezialvorlesung-MMDD-0910

Da ich in diesem Semester meine Bachelorarbeit geschrieben habe, blieb nicht viel Zeit für weitere Veranstaltungen. Ich habe mich dann ausschließlich für diese Vorlesung entschieden.

Gute und schlechte Gründe

Dabei gab es zwei Gründe für meine Wahl.

Der gute: Das Thema klingt interessant.
Nachdem ich mich für Bioinformatik als Alternative zum Medizinstudium entschieden hatte, interessieren mich natürlich all die Themen besonders, die enge Verknüpfungen zur Medizin haben. In diesem Fall sind wir im Bereich der Pharmazie, also nah dran.

Der “schlechte” Grund:
Ich kannte Dr. Hutter bereits aus der Veranstaltung Computational Chemistry. Daher wusste ich, dass seine Vorlesungen niemanden überfordern. Um ganz sicherzugehen hatte ich mir noch die Klausurnoten vom vorherigen Semester angesehen: Es gab zweimal eine 2, alle anderen Teilnehmer hatten sogar eine 1 vor dem Komma.
Während man seine Abschlussarbeit schreibt, ist es das Beste, nebenbei nur Scheine zu machen, bei denen der Arbeitsaufwand berechenbar und überschaubar ist. Diese Anforderungen erfüllt eine Abschlussarbeit selbst nämlich eher selten …

Der scheinbar weniger gute Grund ist meiner Meinung nach gar nicht so schlecht.
Man könnte natürlich dogmatisch sein und fordern, dass man allein nach seinen Interessen und dem potentiellen Wissensgewinn studieren sollte. Will (oder muss) man aber in kurzer Zeit mit seinem Studium fertig werden, so ist es gerechtfertigt, auch einmal ökonomisch zu denken.

Format: Standard-Spezialvorlesung

Die Vorlesung bringt nach den aktuellen Studienordnungen 5 Credit Points. Sie umfasst 2 Stunden Vorlesung (auf Englisch) pro Woche, alle zwei Wochen wird ein Tutorial angeboten, in dem vor allem die Aufgaben der insgesamt 6 Übungsblätter besprochen werden.

Die Übungsblätter müssen allein bearbeitet werden und können persönlich oder per eMail abgegeben werden. Es sind je 100 Punkte zu erreichen. Zur Klausurzulassung sind 50% der erreichbaren Gesamtpunkte notwendig. Die Übungen sind nicht schwierig, man sollte lediglich die vorhergehenden Vorlesungen gehört oder die im Internet abrufbaren Folien durchgelesen haben. Es ist also ein Leichtes, zur Klausur zugelassen zu werden.

Zuverlässige Klausurvorbereitung

Dennoch lohnt es sich, mehr als 50% der Übungsaufgaben zu bearbeiten:
Die Klausuraufgaben haben starke Überschneidungen mit denen der Übungsblätter. Die Klausur, die in Englisch und Deutsch angeboten wurde, hat denn auch jeder mit einer guten Note, die sich allein aus dem Klausurergebnis errechnet, bestanden.

Wer also sichere 5 Punkte für seinen Bachelor- oder Masterabschluss braucht, ist in dieser Vorlesung gut aufgehoben. Es ist jedoch auch wieder nicht so, dass man dabei nichts lernen würde. Zuvor hatte ich z.B. noch nie von SMILES und SMARTS gehört, und heute beherrsche ich sie aus dem Effeff.

Dozent: Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer
Semester: Sommer ‘08
Website: http://bioinf.mpi-inf.mpg.de/teaching/bioinf2_2008.php

Im Vorfeld dieser Vorlesung haben einige meiner Kommilitonen die Hoffnung geäußert, dieses Jahr wäre ein anderer Professor als Dozent an der Reihe. Dem war aber nicht so, und das war auch gut so!

Vor Prof. Lengauer haben die Studenten berechtigterweise Respekt: Er hat viel für die Etablierung der Bioinformatik in der deutschen Forschungslandschaft getan und ist seit 2001 hochdekorierter Oberforscher (sprich: Direktor) des auf dem Campus angesiedelten Max-Planck-Instituts Informatik.
Er hat nicht nur hohe Ansprüche an sich - sondern bekanntermaßen auch an seine Studenten.

Preisgeld für hervorragende Leistungen

Prof. Lengauer hat erreicht, dass es Preisgelder zu gewinnen gab, die aus Studiengebühren finanziert wurden.
Die 3 Teilnehmer mit den besten Klausurergebnissen in der Hauptklausur sollten jeweils einen Preis von je 1.200,- EUR erhalten. Da jedoch 3 Leute mit gleich guten Leistungen den dritten Platz belegten, hat man unter ihnen fair geteilt. Jeder von ihnen bekam 400,- EUR. So konnten also gleich 5 Hörer der Vorlesung gefördert werden.
Das Geld musste allerdings im engeren Sinne “studienbezogen” ausgegeben werden: z.B. für den Besuch einer Konferenz oder für relevante Bücher. Auch mein Antrag, mir davon einen Laptop kaufen zu dürfen, wurde bewilligt. Studiengebühren und Semesterbeitrag wurden merkwürdigerweise nicht als Studienausgaben im engeren Sinne angesehen.

Ob zukünftige Hörer der Vorlesung ebenfalls die Chance auf ein Preisgeld bekommen werden, ist ungewiss.
Je nachdem, welche der möglichen Koalitionen (Große Koalition, Jamaika oder Links-Bündnis aus SPD, Linken und Grünen) das Saarland nach der Regierungsbildung führen wird, steht jedenfalls eine Finanzierung aus Studiengebühren nicht mehr zur Verfügung. Alle Teilnehmer des möglichen und wahrscheinlichen Links-Bündnisses sind Gegner der Campus-Maut, aber auch in der CDU stellt man die Gebühren mittlerweile zur Disposition.

Vielleicht wird es auch andere Finanzierungsmöglichkeiten geben. Ein Indiz dafür ist, dass es auch vor Einführung der Gebühren zum Wintersemester ‘07/’08 schon eine Auszeichnung der besten Leistungen gab.

Ohne Fleiß kein Preis

Für die finanzielle Belohnung musste man allerdings erst einmal einiges leisten.
Es gab pro Woche 4 Stunden Vorlesung und 2 Übungsstunden ohne Anwesenheitspflicht. Um an der Klausur teilnehmen zu dürfen, musste man 50% der in den Übungsblättern erreichbaren Punkte sammeln. Die Übungsblätter wurden von stets wechselnden Tutoren betreut, die alle in Prof. Lengauers Arbeitsgruppe “Computational Biology & Applied Algorithmics” arbeiten. Bis auf ein oder zwei Ausnahmen waren alle Tutoren sehr engagiert. Nicht nur die Vorlesung selbst, sondern auch die Übungen deckten ein breites Sprektrum an Problemstellungen und Lösungsmöglichkeiten ab.
Die Vorlesung wurde aus Rücksicht auf einige Hörer aus dem Ausland mit allgemeinem Einverständnis in Englisch gehalten, die Klausur wurde auch in Deutsch angeboten.

Die Klausur war wie erwartet sehr anspruchsvoll. Mehr als die Hälfte der Teilnehmer wäre beim ersten Versuch durchgefallen, wenn man nicht die vor der Klausur festgelegte Bestehensgrenze nachträglich gesenkt hätte.
Die, bei denen es dann immer noch nicht gereicht hat, erhielten in der Nachklausur eine zweite Chance.

Mein Fazit: Es lohnt sich, Bioinformatik 2 bei Prof. Lengauer zu hören.
Die Veranstaltung war durchweg gut organisiert. Das klingt banal, aber im Laufe meines Studiums habe ich gelernt, dass gut organsierte Vorlesungen in unserem Hochschulsystem eine Seltenheit sind.
Prof. Lengauer hält außerdem gründlich vorbereitete Vorlesungen und hat die Fähigkeit, seine Zuhörer jedes Mal für anderthalb Stunden auf eine kleine Reise die Tiefen der Bioinformatik mitzunehmen.

Dozenten: Verschiedene Dozenten der Bioinformatik
Semester: Winter ‘06/’07
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/old_html/html/RingvorlesungWS0607.htm

Im ersten Semester sind hauptsächlich Grundlagen aus allen Bereichen der Naturwissenschaften zu erlernen - da besteht manchmal die Gefahr, das Ziel “Bioinformatik” aus den Augen zu verlieren.
Um dem vorzubeugen führt diese Ringvorlesung die Erstsemester in jeder der wöchentlich von einem anderen Dozenten abgehaltenen Vorlesungen an eines der aktuell interessanten Gebiete der Bioinformatik heran. Die Themen werden nicht weiter vertieft, es geht lediglich darum, das Interesse zu vergrößern und den Hörern einen Überblick über das Studienfeld zu verschaffen.

Ganz ohne Prüfung ist leider nach der gültigen Studienordnung kein Schein zu bekommen. Deshalb muss man zu 3 beliebigen Vorlesungen jeweils ein Protokoll erstellen und einreichen. Es sollte maximal 5 Seiten lang sein. Die Texte werden dann vom jeweiligen Dozenten benotet. Der Durchschnitt der 3 Noten ergibt die Endnote, wobei hier großzügigerweise im Zweifel zugunsten des Studenten gerundet wird.
Die Ringvorlesung ist 3 Credit Points wert.

Alle Themen der Veranstaltung (fett geschrieben: meine Auswahl für die 3 Protokolle):

• Moleküle aus dem Baukasten - De novo Design von Wirkstoffen
  (Dr. Andreas Kämper)
• Proteinkomplexe und Nanomaschinen
  (Prof. Dr. Volkhard Helms)
• Protein-Protein-Docking
  (Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof)
• Zu Risiken und Nebenwirkungen - Sind neue Medikamente besser?
  (PD Dr. Michael Hutter)
• Strukturbasierte Bioinformatik mit BALL
  (Dr. Andreas Hildebrandt)
• Vom Wirkstoff zur Formulierung: Vorhersagemodelle in der Arzneistoffentwicklung
  (Dr. Dirk Neumann)
• Minimal-invasive Tumordiagnostik
  (Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof)
• Das Rätsel der Proteinfaltung
  (Prof. Dr. Volkhard Helms)
• Struktur und Dynamik von Proteinen
  (Dr. Rainer Böckmann, mittlerweile Prof. Dr.)
• Flexibles Docking
  (Dr. Iris Antes, mittlerweile Prof. Dr.)
• Hilfe für HIV-Patienten durch Bioinformatik
  (Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer)
• Bioinformatik - Perspektiven und Grenzen
  (Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer)

Dozent: Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof
Semester: Winter ‘07/’08
Website: http://bioinf-www.bioinf.uni-sb.de/teaching

Die Vorlesung bringt mit 6 SWS 9 Credit Points ein und der Aufwand dafür ist wirklich nicht übertrieben. Wöchentlich werden Übungen ausgegeben, mit deren Bearbeitung man sich für die Teilnahme an der Klausur qualifizieren kann. Die Klausur selbst ist keine große Herausforderung mehr, wenn man die Übungen regelmäßig erarbeitet hat. Als Programmiersprache wird (bisher) C++ verwendet. Man sollte sich rechtzeitig darum kümmern, die dafür benötigte Software zum Laufen zu bringen (u.a. CppUnit), denn sonst gerät man schnell ins Hintertreffen.

Dozent: Prof. Dr. Andreas Zeller
Semester: Sommer ‘07
Website: http://www.st.cs.uni-saarland.de/edu/sopra/2008/

Prof. Zeller hat diese Veranstaltung in diesem Semester zum ersten Mal gehalten. Inhaltlich war Folgendes vorgesehen:

• Einführung in die imperative / objektorientierte Programmierung
• Programmiersprachen: überwiegend Java, ein wenig C++, Vergleiche mit Skriptsprachen.

Die Vorlesung betrachtet der Professor ausschließlich als Anregung zum Selbststudium. Für Programmierung 2 lernt man idealerweise den meisten Stoff im Selbststudium, indem man das Buch, an dem die Vorlesung sich orientiert, zur Hand nimmt: Java lernen mit BlueJ.
Der Arbeitsaufwand ist recht hoch, da parallel Programmierprojekte (5 im Semester), Übungsblätter (wöchentlich) und Minitests (wöchentlich) bearbeitet werden müssen. Die wöchentlichen Leistungen dienen der Klausurzulassung, die Bewertung der Projekte fließt in die Abschlussnote mit ein. Außerdem werden zwei Klausuren geschrieben, bei denen man sich nicht zuviel Zeit lassen sollte, denn der Zeitrahmen ist etwas knapp bemessen.

Die Organisation des Kurses war noch verbesserungswürdig, was bestimmt daran lag, dass die Veranstaltung erstmals nach diesem Konzept abgehalten wurde.

Mein Fazit: Programmierung 2 bedeutet viel Arbeit, aber der Aufwand lohnt sich.

Dozent: Prof. Dr. Joachim Weickert
Semester: Winter ‘06/’07
Website: http://www.mia.uni-saarland.de/Teaching/mfi_ws06.shtml

Prof. Weickert ist mit Sicherheit einer der besten Matheprofs an der Uni. Er ist herzlich, begeistert von der Materie und immer für die Studenten ansprechbar. Allerdings sehen selbst bei ihm die Mathe-Vorlesungen im wesentlichen so aus, dass er sein ausgereiftes Skript an die Tafel schreiben und hier und da einen erklärenden oder illustrierenden Satz dazu sagt. Ich habe die Besuche der Vorlesung schließlich eingestellt, da ich mit dem Skript allein effizienter lernen konnte. Nichts für ungut…

Dozent: Prof. Dr. Jörn Walter
Semester: Winter ‘07/’08
Website: http://www.uni-saarland.de/fak8/genetik/de/teaching/

Für Bioinformatikstudenten findet diese Vorlesung in 4 SWS statt. Biologen hören im 1. und 3. Semester entweder 2 SWS beim Anschneiden eines neuen Themas oder 2 SWS (am jeweils anderen Tag in der Woche) bei der Vertiefung des zuvor angesprochenen Themas zu und bekommen (vermutlich) dann auch weniger als 6 Credit Points. Die Vorlesung wurde abwechselnd vom Professor und seiner Assistentin gehalten. Leider ist das Gesagte akustisch nicht besonders gut zu verstehen, da es dort scheinbar kein Mikrophon gibt, aber inhaltlich war es nie ein Problem.
Problematisch fand ich nur die Klausur, insofern als darin allerhand einzelne Fakten und viele (IMO) nebensächliche Details abgefragt wurden, anstatt Fragen zu stellen, mit denen man herausfinden kann, ob ein Student die Prinzipien und Grundlagen verstanden hat.

Dozent: Dr. Christian Schall
Semester: Sommer ‘07

Dr. Schall, als Mitarbeiter von Fresenius Medical Care ein Mann aus der Praxis, hat tapfer versucht den anwesenden Informatikstudenten die Hintergründe und Konzepte des Projektmanagements zu vermitteln. Ich fand das Thema leider nach wie vor einfach langweilig. Naja, dem einen gefällt’s, dem anderen nicht…

Dozenten: Prof. Dr. Dr. h.c. Michael Veith / Dr. Andreas Rammo
Semester: Winter ‘06/’07
Website: http://www.uni-saarland.de/fak8/veith/anchem4.htm

Ich fand die Stunden, die von Dr. Rammo gehalten wurden, bei weitem unterhaltsamer und verständlicher. Möglicherweise hat Prof. Veith durch seine jahrzehntelange Auseinandersetzung mit der Vorlesung ein wenig den Überblick darüber verloren, was er dort erzählt. Die Versuche erschienen mir oft wie zufällig aneinandergereiht, ich konnte keine Struktur erkennen.
Dr. Rammo hat Humor, wodurch es einem trotz der trockenen Themen nicht schwer fällt halbwegs aufmerksam zu sein. Die Klausur war angemessen, ebenso die Menge des zu lernenden Stoffs. Im Internet existiert eine gutes, ausführliches Skript, das ein ehemaliger Hörer der Vorlesung erstellt hat und nun der Allgemeinheit zu Gute kommen lässt.
Den nächsten Semestern drücke ich die Daumen, dass der Raum dann nicht so hoffnungslos überfüllt sein wird! Was für eine stickige Luft…