Dozent: PD Dr. Michael Hutter
Semester: Sommer ‘11

Das Masterseminar ist eine eigenartige Veranstaltungsform:
Obwohl die Form des Leistungsnachweises die Selbe ist, wie bei einem “normalen” Seminar, gibt es hier wesentlich mehr Punkte zu holen. (Kurz zur Form: Man muss einen eigenständig erarbeiteten Vortrag in Englisch über ein abgegrenztes Gebiet der Bioinformatik halten. Dabei schwankt die Vortragszeit je nach prüfendem Lehrstuhl zwischen 30 und 45 Minuten, plus weiteren 15 bis 25 Minuten Diskussion. Eine zusätzliche schriftliche Zusammenfassung wird in der Regel nicht verlangt.
So weit - so normal.)

Inhaltlich allerdings ist das Masterseminar etwas diffiziler: Man soll hier eine geplante Masterarbeit vorstellen. Es handelt sich also nicht um eine Form des Rigorosums, bei dem man eine bereits eingereichte Abschlussarbeit verteidigt. Das Masterseminar wird VOR Verfassen der Masterthesis gehalten - oder zumindest vor deren Abgabe.
Es wird erwartet, dass man sich in ein angemessen anspruchsvolles Themengebiet eingearbeitet hat. Außerdem soll man optimalerweise eigene Ideen entfaltet haben und die wesentlichen Lösungsansätze für eine erfolgreiche Anfertigung der Masterarbeit eruiert haben.

Wenn das mal nicht etwas schwammig klingt…
Diese Ungenauigkeit führt gerne dazu, dass das Seminar später gehalten wird als nötig - entweder weil der Student bummelt und die Prüfungssituation lieber noch aufschieben will, oder weil der Betreuer den Studenten vom Vortrag zu lange abhält, weil er so die Arbeitskraft des Studenten noch länger für seine Forschung einsetzen kann.
Wenn man als Student Letzteres vermeiden will, findet man bei Dr. Hutter garantiert eine gute Betreuung. Er übt auf niemanden Druck aus schneller zu arbeiten als er will und kann, und wenn man sich für den Vortrag bereit fühlt wird er einen auch nicht unnötigerweise davon abhalten.

Das Seminar macht mit seinen 12 Credit Points immerhin ein Zehntel des gesamten Masterpensums aus und sollte daher nicht auf die leichte Schulter genommen werden. Es wird erwartet, dass man optimalerweise folgende Punkte beachtet:

• Einhalten der Zeitvorgaben (dazu gehört auch pünktliches Erscheinen, wobei u.a. das Setup des Beamers zu berücksichtigen ist)
• Flüssiger, nicht zu schneller Vortragsstil
• Übersichtlich ausgearbeitete Folien mit Angabe der Seitenzahl
• Viele Bilder / Grafiken / Animationen, möglichst wenig Fließtext (lieber Stichpunkte)
• Zentrale Grafiken und Zitate werden korrekt gekennzeichnet (die Lehrstühle haben da sehr unterschiedliche Vorlieben… einfach fragen!)
• Erste Folie enthält Arbeitstitel, Veranstaltungsform, Semester, Institution, Betreuer und natürlich den Namen des Vortragenden
• Zweite Folie enthält eine (sinnvolle!) Gliederung des darauf folgenden Vortrags
• Die Gliederung besteht typischerweise in etwa aus folgenden Punkten: Einleitung | Problemstellung | Lösungsansatz | Ausblick
• Letzte Folie enthält ggf. Acknowledgements und Überleitung zur anschließenden Diskussion
• Nachdem mein Seminar als sehr gut bewertet wurde, enthalten die Folien sicher den ein oder anderen nützlichen Anhaltspunkt (auch wenn bei der Konvertierung in PDF einige Darstellungsfehler entstanden sind und eine Animation verloren gegangen ist): Download Masterseminar von Eva Kiszka (PDF)

Für die Diskussion ist es schwieriger allgemein gültige Tipps zu identifizieren.
Man sollte sich natürlich gut auf diesen wichtigen Teil der Prüfung vorbereiten, indem man zum Experten auf seinem Themengebiet wird, und indem man schon einmal überlegt, welche Fragen gestellt werden könnten. Wenn einem eine Frage einfällt, die man für sehr wahrscheinlich hält, kann es sogar Sinn machen, dafür eine zusätzliche Folie vorzubereiten, die man einfach hinten an seinen Vortrag anhängt und bei Bedarf zeigt.
Von einer Kommilitonin weiß ich, dass es gar nicht empfehlenswert ist, sich nach seinem Seminar bereits erleichtert hinzusetzen. Die Form sollte bis zum Abschluss der Diskussion gewahrt werden, und man sollte wie auch beim Vortrag vorne stehen bleiben.

Dozenten: Prof. Dr. Volkhard Helms und Dr. Tihamér Geyer
Semester: Winter ‘10/’11
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/ws-2010-11/bioinformatik-iii

Die beiden Dozenten hielten jeweils etwa die Hälfte der 22 Vorlesungen. Beide verstanden es sehr gut, den Stoff interessant und verständlich vorzutragen. Der Stoff von Bioinformatik 3 konzentriert sich auf integrierte Biologie und Systembiologie - Themen die ansonsten im Studium etwas zu kurz kommen. Hier erhält man eine solide Einführung in biologische Netzwerke sowie die Simulation biologischer Prozesse. Um den Stoff zu vertiefen, empfiehlt es sich Professor Helms Buch zum Thema zu kaufen:
Principles of Computational Cell Biology

Der Aufbau der Vorlesung entspricht weitgehend dem üblichen Schema einer 9-Punkte-Vorlesung:

• 2x pro Woche gibt es 1,5 Stunden Vorlesung
• 1x pro Woche gibt es ein Übungsblatt (allein oder zu zweit zu bearbeiten, 50% der Punkte zur Klausurzulassung benötigt)
• 1x pro Woche gibt es ein Tutorial (dauerte meistens keine ganze Stunde, 1x Vorrechnen zur Klausurzulassung notwendig)
• 1 Klausur zum Semesterende

Zusätzlich gab es über das Semester verteilt 4 so genannte Minitests. Diese entsprechen allerdings eher Teilklausuren, denn sie waren nicht nur relativ anspruchsvoll, sondern sie machen insgesamt auch die Hälfte der Endnote aus. Dabei zählen nur die 3 besten Noten.

Vom Aufwand her ist die Vorlesung angemessen. Für die Übungsblätter gibt es immer Einiges zu Programmieren. Dabei wird Python verwendet. Teilweise waren die wöchentlichen Aufgaben schon fast ein wenig zu viel. Wenigstens wurde vor den Minitests immer eine Übungsblatt-Pause eingelegt, so dass uns die Doppelbelastung Programmieren/Lernen erspart wurde. Die Tests und Klausuren waren vom Inhalt her sehr gut auf die Vorlesungen abgestimmt, das heißt also durch gute Vorbereitung leicht zu schaffen.

Insgesamt war es eine gut vorbereitete und strukturierte Vorlesung, die Spaß gemacht hat und definitiv empfehlenswert ist.

Interessanterweise wurden uns die Ergebnisse der Vorlesungsevaluation zur Verfügung gestellt.

Dozenten: Prof. Dr. Volkhard Helms, Dr. Tihamér Geyer
Semester: Winter ‘09/’10
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/previous-semesters/ss-2009/sww-bioinformatik/sww-bioinformatik-ss09

Im Bioinformatikstudium muss man viel programmieren. Das ist auch gut so. Dennoch hatte ich häufig das Gefühl etwas zu verpassen, denn nur sehr wenige Vorlesungen beschäftigen sich mit der Anwendung von Bioinformatiksoftware. Trotzdem wird erwartet, dass man zumindest die verbreiteten Tools, wie beispielsweise Proteindatenbanken und Alignmentsoftware benutzen kann, wenn es notwendig ist. Und notwendig wird es meistens spätestens bei der Abschlussarbeit.

In Softwarewerkzeuge lernt man nun genau das. Neben der Vorlesung gilt es 3 Projekte zu bearbeiten, jeweils in Zweiergruppen. Die Aufgaben bestehen aus kleinen Forschungsaufträgen, die man mit Hilfe von gängiger Bioinfo-Software lösen kann. So lernt man beispielsweise ClustalW und BLAST gut kennen.
Wenn man sich bei den Projekten Mühe gibt, kann man damit sogar am Schluss seine Note verbessern.

Um den Schein zu bekommen, muss man aber eigentlich nur die Klausur zum Ende der Vorlesung bestehen, was auch jeder schaffen kann. Wer den Bachelor mit der Vertiefungsrichtung “Angewandte Bioinformatik / BI” abschließen will, sollte darauf achten, dass diese Vorlesung dann als Praktikum der Bioinformatik verpflichtend zum Vorlesungsplan gehört.

Dozent: PD Dr. Michael Hutter
Semester: Winter ‘09/’10
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/ws-2009-10/special-topic-lecture-bioinformatics-modern/spezialvorlesung-MMDD-0910

Da ich in diesem Semester meine Bachelorarbeit geschrieben habe, blieb nicht viel Zeit für weitere Veranstaltungen. Ich habe mich dann ausschließlich für diese Vorlesung entschieden.

Gute und schlechte Gründe

Dabei gab es zwei Gründe für meine Wahl.

Der gute: Das Thema klingt interessant.
Nachdem ich mich für Bioinformatik als Alternative zum Medizinstudium entschieden hatte, interessieren mich natürlich all die Themen besonders, die enge Verknüpfungen zur Medizin haben. In diesem Fall sind wir im Bereich der Pharmazie, also nah dran.

Der “schlechte” Grund:
Ich kannte Dr. Hutter bereits aus der Veranstaltung Computational Chemistry. Daher wusste ich, dass seine Vorlesungen niemanden überfordern. Um ganz sicherzugehen hatte ich mir noch die Klausurnoten vom vorherigen Semester angesehen: Es gab zweimal eine 2, alle anderen Teilnehmer hatten sogar eine 1 vor dem Komma.
Während man seine Abschlussarbeit schreibt, ist es das Beste, nebenbei nur Scheine zu machen, bei denen der Arbeitsaufwand berechenbar und überschaubar ist. Diese Anforderungen erfüllt eine Abschlussarbeit selbst nämlich eher selten …

Der scheinbar weniger gute Grund ist meiner Meinung nach gar nicht so schlecht.
Man könnte natürlich dogmatisch sein und fordern, dass man allein nach seinen Interessen und dem potentiellen Wissensgewinn studieren sollte. Will (oder muss) man aber in kurzer Zeit mit seinem Studium fertig werden, so ist es gerechtfertigt, auch einmal ökonomisch zu denken.

Format: Standard-Spezialvorlesung

Die Vorlesung bringt nach den aktuellen Studienordnungen 5 Credit Points. Sie umfasst 2 Stunden Vorlesung (auf Englisch) pro Woche, alle zwei Wochen wird ein Tutorial angeboten, in dem vor allem die Aufgaben der insgesamt 6 Übungsblätter besprochen werden.

Die Übungsblätter müssen allein bearbeitet werden und können persönlich oder per eMail abgegeben werden. Es sind je 100 Punkte zu erreichen. Zur Klausurzulassung sind 50% der erreichbaren Gesamtpunkte notwendig. Die Übungen sind nicht schwierig, man sollte lediglich die vorhergehenden Vorlesungen gehört oder die im Internet abrufbaren Folien durchgelesen haben. Es ist also ein Leichtes, zur Klausur zugelassen zu werden.

Zuverlässige Klausurvorbereitung

Dennoch lohnt es sich, mehr als 50% der Übungsaufgaben zu bearbeiten:
Die Klausuraufgaben haben starke Überschneidungen mit denen der Übungsblätter. Die Klausur, die in Englisch und Deutsch angeboten wurde, hat denn auch jeder mit einer guten Note, die sich allein aus dem Klausurergebnis errechnet, bestanden.

Wer also sichere 5 Punkte für seinen Bachelor- oder Masterabschluss braucht, ist in dieser Vorlesung gut aufgehoben. Es ist jedoch auch wieder nicht so, dass man dabei nichts lernen würde. Zuvor hatte ich z.B. noch nie von SMILES und SMARTS gehört, und heute beherrsche ich sie aus dem Effeff.

Dozent: Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer
Semester: Sommer ‘08
Website: http://bioinf.mpi-inf.mpg.de/teaching/bioinf2_2008.php

Im Vorfeld dieser Vorlesung haben einige meiner Kommilitonen die Hoffnung geäußert, dieses Jahr wäre ein anderer Professor als Dozent an der Reihe. Dem war aber nicht so, und das war auch gut so!

Vor Prof. Lengauer haben die Studenten berechtigterweise Respekt: Er hat viel für die Etablierung der Bioinformatik in der deutschen Forschungslandschaft getan und ist seit 2001 hochdekorierter Oberforscher (sprich: Direktor) des auf dem Campus angesiedelten Max-Planck-Instituts Informatik.
Er hat nicht nur hohe Ansprüche an sich - sondern bekanntermaßen auch an seine Studenten.

Preisgeld für hervorragende Leistungen

Prof. Lengauer hat erreicht, dass es Preisgelder zu gewinnen gab, die aus Studiengebühren finanziert wurden.
Die 3 Teilnehmer mit den besten Klausurergebnissen in der Hauptklausur sollten jeweils einen Preis von je 1.200,- EUR erhalten. Da jedoch 3 Leute mit gleich guten Leistungen den dritten Platz belegten, hat man unter ihnen fair geteilt. Jeder von ihnen bekam 400,- EUR. So konnten also gleich 5 Hörer der Vorlesung gefördert werden.
Das Geld musste allerdings im engeren Sinne “studienbezogen” ausgegeben werden: z.B. für den Besuch einer Konferenz oder für relevante Bücher. Auch mein Antrag, mir davon einen Laptop kaufen zu dürfen, wurde bewilligt. Studiengebühren und Semesterbeitrag wurden merkwürdigerweise nicht als Studienausgaben im engeren Sinne angesehen.

Ob zukünftige Hörer der Vorlesung ebenfalls die Chance auf ein Preisgeld bekommen werden, ist ungewiss.
Je nachdem, welche der möglichen Koalitionen (Große Koalition, Jamaika oder Links-Bündnis aus SPD, Linken und Grünen) das Saarland nach der Regierungsbildung führen wird, steht jedenfalls eine Finanzierung aus Studiengebühren nicht mehr zur Verfügung. Alle Teilnehmer des möglichen und wahrscheinlichen Links-Bündnisses sind Gegner der Campus-Maut, aber auch in der CDU stellt man die Gebühren mittlerweile zur Disposition.

Vielleicht wird es auch andere Finanzierungsmöglichkeiten geben. Ein Indiz dafür ist, dass es auch vor Einführung der Gebühren zum Wintersemester ‘07/’08 schon eine Auszeichnung der besten Leistungen gab.

Ohne Fleiß kein Preis

Für die finanzielle Belohnung musste man allerdings erst einmal einiges leisten.
Es gab pro Woche 4 Stunden Vorlesung und 2 Übungsstunden ohne Anwesenheitspflicht. Um an der Klausur teilnehmen zu dürfen, musste man 50% der in den Übungsblättern erreichbaren Punkte sammeln. Die Übungsblätter wurden von stets wechselnden Tutoren betreut, die alle in Prof. Lengauers Arbeitsgruppe “Computational Biology & Applied Algorithmics” arbeiten. Bis auf ein oder zwei Ausnahmen waren alle Tutoren sehr engagiert. Nicht nur die Vorlesung selbst, sondern auch die Übungen deckten ein breites Sprektrum an Problemstellungen und Lösungsmöglichkeiten ab.
Die Vorlesung wurde aus Rücksicht auf einige Hörer aus dem Ausland mit allgemeinem Einverständnis in Englisch gehalten, die Klausur wurde auch in Deutsch angeboten.

Die Klausur war wie erwartet sehr anspruchsvoll. Mehr als die Hälfte der Teilnehmer wäre beim ersten Versuch durchgefallen, wenn man nicht die vor der Klausur festgelegte Bestehensgrenze nachträglich gesenkt hätte.
Die, bei denen es dann immer noch nicht gereicht hat, erhielten in der Nachklausur eine zweite Chance.

Mein Fazit: Es lohnt sich, Bioinformatik 2 bei Prof. Lengauer zu hören.
Die Veranstaltung war durchweg gut organisiert. Das klingt banal, aber im Laufe meines Studiums habe ich gelernt, dass gut organsierte Vorlesungen in unserem Hochschulsystem eine Seltenheit sind.
Prof. Lengauer hält außerdem gründlich vorbereitete Vorlesungen und hat die Fähigkeit, seine Zuhörer jedes Mal für anderthalb Stunden auf eine kleine Reise die Tiefen der Bioinformatik mitzunehmen.

Dozenten: Verschiedene Dozenten der Bioinformatik
Semester: Winter ‘06/’07
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/old_html/html/RingvorlesungWS0607.htm

Im ersten Semester sind hauptsächlich Grundlagen aus allen Bereichen der Naturwissenschaften zu erlernen - da besteht manchmal die Gefahr, das Ziel “Bioinformatik” aus den Augen zu verlieren.
Um dem vorzubeugen führt diese Ringvorlesung die Erstsemester in jeder der wöchentlich von einem anderen Dozenten abgehaltenen Vorlesungen an eines der aktuell interessanten Gebiete der Bioinformatik heran. Die Themen werden nicht weiter vertieft, es geht lediglich darum, das Interesse zu vergrößern und den Hörern einen Überblick über das Studienfeld zu verschaffen.

Ganz ohne Prüfung ist leider nach der gültigen Studienordnung kein Schein zu bekommen. Deshalb muss man zu 3 beliebigen Vorlesungen jeweils ein Protokoll erstellen und einreichen. Es sollte maximal 5 Seiten lang sein. Die Texte werden dann vom jeweiligen Dozenten benotet. Der Durchschnitt der 3 Noten ergibt die Endnote, wobei hier großzügigerweise im Zweifel zugunsten des Studenten gerundet wird.
Die Ringvorlesung ist 3 Credit Points wert.

Alle Themen der Veranstaltung (fett geschrieben: meine Auswahl für die 3 Protokolle):

• Moleküle aus dem Baukasten - De novo Design von Wirkstoffen
  (Dr. Andreas Kämper)
• Proteinkomplexe und Nanomaschinen
  (Prof. Dr. Volkhard Helms)
• Protein-Protein-Docking
  (Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof)
• Zu Risiken und Nebenwirkungen - Sind neue Medikamente besser?
  (PD Dr. Michael Hutter)
• Strukturbasierte Bioinformatik mit BALL
  (Dr. Andreas Hildebrandt)
• Vom Wirkstoff zur Formulierung: Vorhersagemodelle in der Arzneistoffentwicklung
  (Dr. Dirk Neumann)
• Minimal-invasive Tumordiagnostik
  (Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof)
• Das Rätsel der Proteinfaltung
  (Prof. Dr. Volkhard Helms)
• Struktur und Dynamik von Proteinen
  (Dr. Rainer Böckmann, mittlerweile Prof. Dr.)
• Flexibles Docking
  (Dr. Iris Antes, mittlerweile Prof. Dr.)
• Hilfe für HIV-Patienten durch Bioinformatik
  (Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer)
• Bioinformatik - Perspektiven und Grenzen
  (Prof. Dr. Dr. Thomas Lengauer)

Dozent: Prof. Dr. Hans-Peter Lenhof
Semester: Winter ‘07/’08
Website: http://bioinf-www.bioinf.uni-sb.de/teaching

Die Vorlesung bringt mit 6 SWS 9 Credit Points ein und der Aufwand dafür ist wirklich nicht übertrieben. Wöchentlich werden Übungen ausgegeben, mit deren Bearbeitung man sich für die Teilnahme an der Klausur qualifizieren kann. Die Klausur selbst ist keine große Herausforderung mehr, wenn man die Übungen regelmäßig erarbeitet hat. Als Programmiersprache wird (bisher) C++ verwendet. Man sollte sich rechtzeitig darum kümmern, die dafür benötigte Software zum Laufen zu bringen (u.a. CppUnit), denn sonst gerät man schnell ins Hintertreffen.

Dozent: Prof. Dr. Andreas Zeller
Semester: Sommer ‘07
Website: http://www.st.cs.uni-saarland.de/edu/sopra/2008/

Prof. Zeller hat diese Veranstaltung in diesem Semester zum ersten Mal gehalten. Inhaltlich war Folgendes vorgesehen:

• Einführung in die imperative / objektorientierte Programmierung
• Programmiersprachen: überwiegend Java, ein wenig C++, Vergleiche mit Skriptsprachen.

Die Vorlesung betrachtet der Professor ausschließlich als Anregung zum Selbststudium. Für Programmierung 2 lernt man idealerweise den meisten Stoff im Selbststudium, indem man das Buch, an dem die Vorlesung sich orientiert, zur Hand nimmt: Java lernen mit BlueJ.
Der Arbeitsaufwand ist recht hoch, da parallel Programmierprojekte (5 im Semester), Übungsblätter (wöchentlich) und Minitests (wöchentlich) bearbeitet werden müssen. Die wöchentlichen Leistungen dienen der Klausurzulassung, die Bewertung der Projekte fließt in die Abschlussnote mit ein. Außerdem werden zwei Klausuren geschrieben, bei denen man sich nicht zuviel Zeit lassen sollte, denn der Zeitrahmen ist etwas knapp bemessen.

Die Organisation des Kurses war noch verbesserungswürdig, was bestimmt daran lag, dass die Veranstaltung erstmals nach diesem Konzept abgehalten wurde.

Mein Fazit: Programmierung 2 bedeutet viel Arbeit, aber der Aufwand lohnt sich.

Dozent: Prof. Dr. Joachim Weickert
Semester: Winter ‘06/’07
Website: http://www.mia.uni-saarland.de/Teaching/mfi_ws06.shtml

Prof. Weickert ist mit Sicherheit einer der besten Matheprofs an der Uni. Er ist herzlich, begeistert von der Materie und immer für die Studenten ansprechbar. Allerdings sehen selbst bei ihm die Mathe-Vorlesungen im wesentlichen so aus, dass er sein ausgereiftes Skript an die Tafel schreiben und hier und da einen erklärenden oder illustrierenden Satz dazu sagt. Ich habe die Besuche der Vorlesung schließlich eingestellt, da ich mit dem Skript allein effizienter lernen konnte. Nichts für ungut…

Dozent: Prof. Dr. Jörn Walter
Semester: Winter ‘07/’08
Website: http://www.uni-saarland.de/fak8/genetik/de/teaching/

Für Bioinformatikstudenten findet diese Vorlesung in 4 SWS statt. Biologen hören im 1. und 3. Semester entweder 2 SWS beim Anschneiden eines neuen Themas oder 2 SWS (am jeweils anderen Tag in der Woche) bei der Vertiefung des zuvor angesprochenen Themas zu und bekommen (vermutlich) dann auch weniger als 6 Credit Points. Die Vorlesung wurde abwechselnd vom Professor und seiner Assistentin gehalten. Leider ist das Gesagte akustisch nicht besonders gut zu verstehen, da es dort scheinbar kein Mikrophon gibt, aber inhaltlich war es nie ein Problem.
Problematisch fand ich nur die Klausur, insofern als darin allerhand einzelne Fakten und viele (IMO) nebensächliche Details abgefragt wurden, anstatt Fragen zu stellen, mit denen man herausfinden kann, ob ein Student die Prinzipien und Grundlagen verstanden hat.