Endlich gibt es eine neue Version der Projektmanagement-Software Collabtive.

Neues Collabtive Template

Version 0.7 hat insbesondere für Webdesigner, Werbeagenturen und alle anderen Schöngeister etwas sehr Interessantes zu bieten, denn es gibt ein neues Theme! Das dunkelblaue Standard-Theme, das vom professionellen Grafiker Marcus Fröhner entwickelt wurde, machte Collabtive schon immer zu einem Hingucker. Für die jenigen, die eine hellere Optik bevorzugen, gibt es nun eine Variation von “Standard” mit dem treffenden Namen “Winter”.

In Zukunft soll es noch weitere Farbvarianten geben, die in Null-Komma-Nichts installiert sind.

Die Screenshots, die im Folgenden zu sehen sind, wurden alle mit Winter aufgenommen. Hier schon einmal ein Eindruck:

Neue Funktionen

Auf vielfachen Wunsch hin gibt es nun eine Funktion, die einem das Leben leichter macht, wenn man mal wieder allzu menschlich war, und sein Passwort vergessen hat. Nun kann man es einfach auf ein zufälliges Passwort zurücksetzen lassen, und sich dieses per eMail zusenden.
Man muss sich allerdings noch seine hinterlegte eMail-Adresse erinnern. Wenn einem selbst das nicht gelingen will, führt kein Weg daran vorbei, den Admin zu belästigen und diesen um ein neues Passwort zu bitten.

Ebenfalls eine Funktion, die viele Nutzer gerne haben wollten, ist der Projekte-Quickfinder.
Im Block auf der rechten Seite, in dem auch die Suche und die Onlineliste sind, gibt es nun ein zusätzliches Drop-Down-Menü mit der Überschrift “Projekte”. Hier werden alle Projekte angezeigt, die nicht abgeschlossen sind, und die der jeweils eingeloggte Besucher sehen darf. Wählt man nun eines der Projekte aus, wird man sofort auf die jeweilige Projektübersicht weitergeleitet. So bleibt einem öfter mal ein Klick erspart.

Für den weniger geübten Internetnutzer wurde das Hochladen von Dateien verbessert: Hier gibt es nun eine Art Fortschrittsbalken. Dieser hilft vor allem, wenn man eine größere Datei hat und der Vorgang länger dauert. Denn nun sieht auch der unerfahrene User auf einen Blick, dass es noch keinen Anlass gibt, vor Ungeduld damit zu beginnen wild in der Anwendung herum zu klicken (wer kennt es nicht?).

Und zu guter Letzt möchte ich einmal auflisten, in welche Sprachen Collabtive schon übersetzt wurde. Ich glaube eine umfassende Liste wurde bis jetzt wirklich noch nirgends gepostet… Dieses Mal hat unsere Übersetzer-Community wirklich Großartiges geleistet, und wir sind stolz darauf, dass die überwiegende Zahl der entsprechenden Sprachdateien vollständig ist.

• Albanisch
• Arabisch
• Bulgarisch
• Katalanisch
• Tschechisch
• Dänisch
• Deutsch
• Griechisch
• Englisch
• Spanisch
• Farsi / Persisch
• Finnisch
• Französisch
• Galizisch
• Kroatisch
• Ungarisch
• Italienisch
• Japanisch
• Litauisch
• Norwegisch (Bokmal)
• Niederländisch
• Polnisch
• Portugiesisch
• Portugiesisch (Brasilien)
• Rumänisch
• Russisch
• Schwedisch
• Slovakisch
• Slovenisch
• Serbisch
• Türkisch
• Ukrainisch
• Chinesisch

Wahnsinn, oder?
Und hier geht’s zur Projekt-Website: http://www.collabtive.o-dyn.de/?lang=de

Gerade eben habe ich das zweite Release der Software für die Verwatung von Anträgen auf Forschungsgelder gemacht. Die neue Version bringt vor allem einige Bugfixes, die in vielen Serverumgebungen die Installation erst ermöglichen.

Hier ist die vollständige Liste der Neuerungen:

• Kompatibilität mit MySQL 5.x hergestellt
• Bugs gefixt, die u.U. die Installation verhindern konnten
• Code aufgeräumt
• Link zum Bearbeiten von Imports entfernt, da nicht benötigt
• Versionsnummer im Footer hinzugefügt

Und hier geht’s zum direkten Download: http://fund-o-mat.googlecode.com/files/fund-o-mat02.zip

Und wieder ein neues Projekt: Ich stelle euch heute ein Verwaltungswerkzeug für Forschungsprojekte vor, das in Zusammenarbeit mit dem Deutschen Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz DFKI entwickelt wurde.

Forschungsinstitute arbeiten häufig mit anderen Forschungsgruppen und Firmen zusammen. Um diese Projekte zu organisieren, ist es notwendig zuerst einen Arbeitsplan aufzustellen. Solche Pläne werden auch von Institutionen, wie beispielsweise der DFG, verlangt, wenn man dort einen Antrag auf Förderung stellt.
Um ein Projekt zu definieren, unterteilt man es in Teilprojekte und untereinander verbundene Arbeitspakete. Das kann eine langwierige Angelegenheit werden, da komplexe Projekte schnell einmal mehr als 100 Komponenten enthalten. Darüber hinaus ist es schwierig, die Beiträge von den verschiedenen Projektpartnern konsistent zu halten.
Diese Probleme will Fund-o-Mat lösen.

Der Code basiert auf dem Open Source Projektverwaltungstool Collabtive 0.6.5, daher ist Fund-o-Mat webbasiert und unterstützt die verbreitetsten Browser, wodurch die Projektteilnehmer effektiv über das Internet zusammen arbeiten können. Besonderen Wert wurde auf intuitive Benutzerführung gelegt. Dieser Anspruch konnte durch die enge Zusammenarbeit mit Mitarbeitern des Forschungsbereichs Intelligente Benutzerschnittstellen (DFKI) realisiert werden.

Auf der Fund-o-Mat Projekt-Website gibt es natürlich noch mehr Infos.

Hier noch ein kleiner Screenshot als Vorgeschmack:
Dabei handelt es sich um eine Visualisierung der Baumstruktur des Projekts “Development of a WPD Maintaining Tool”. Die Teilprojekte werden eine Ebene tiefer eingerückt aufgelistet. Die Ansicht funktioniert wie ein Explorer, das heißt wenn man auf einen Pfeil klickt, wird die darunter liegende Ebene sichtbar. Bei “Required Use Cases” handelt es sich um ein Arbeitspaket. Alle Namen sind anklickbar und führen direkt zur Detailansicht des jeweiligen Elements.

I created a project website for my newly released Android app cmBot at SourceForge.
It will be filled with more content in the next weeks.

This is the address: http://code.google.com/p/cmbot/

Last summer I bought my first smartphone. It runs Google’s Linux-based operating system Android. When a professor told me that mobile computing didn’t have anything to do with bioinformatics, I asked myself “… or does it?”. Since then I wanted to apply mobile computing to topics from computational molecular biology. Today I introduce my first shot at doing so.

I proudly announce the release of a PDB app for Android smartphones!
It is called cmBot (computational molecular biology roBot) and is freely available for download here.

The app consumes the PDB API. This means it looks up PDB ID’s and then parses the XML file the database returns in response. Finally, cmBot displays a nice overview of the file’s major facts - including a graphic visualization of the protein.

Who needs the app?

Not only computational molecular biologists or bioinformaticians like me use the Protein Data Bank PDB. But also biologists, chemists, pharmacists, and all those who are somewhere in between. If you are interested in a particular protein and your PC or laptop is not available, you may want to look up the basic information on your mobile phone. cmBot makes this possible in no time at all!

How to use the app?

When you start the app, your phone displays a search field with the default text “Enter PDB ID…”.
It’s not that difficult, you see…

After entering the PDB identifier of your protein, which may be something like 2KTG for example, you submit it. Now the app connects to the PDB and retrieves the corresponding data, if the identifier exists.
The app then prompts a structure image and a data sheet containing the following textual information:

• Structure ID
• Title
• PubMed ID
• Keywords
• Number of entities
• Number of residues
• Number of atoms
• Published on
• Released on
• Authors
• Status

“Structure ID” and “PubMed ID” are displayed as links so the corresponding PDB and PubMed sites are just one click away.

How to get cmBot?

cmBot is not (yet) available from the Android app store, but you can install it following the instructions given below. There’s only one prerequisite: You need a smartphone running Android 2.2 or higher.

1. Download the archive from http://bioinformatik.o-dyn.de/cmbot/cmBot.apk to the SD card of your smartphone.
2. Install it using one of the popular app installer apps (e.g. Easy Installer).

What does it look like?

What’s in the future?

This is just the first release of my app. I am going to improve it in the coming weeks and months. I’m planning on integrating more functionality, including better integration with other databases, and a molecule viewer (actually I’ve already written a bunch of code for this).
And finally there will be a website dedicated to this project exclusively.

Your feedback is greatly appreciated, so I can improve my app’s usability, too.

Zur Zeit entwickle ich in meiner Freizeit eine App für Smartphones, auf denen das Betriebssystem Android läuft. Der Gedanke kam mir vor einigen Wochen. Zu meiner Überraschung musste ich feststellen, dass beispielsweise die RCSB Protein Data Bank (PDB) keine Android-App anbietet, sondern nur eine für’s iPhone. Dann hab ich mich also an die Arbeit gemacht.

Was kann die App?
Dem Benutzer wird ein Suchfeld angeboten, in das er eine PDB ID eingeben kann. Wenn die ID gültig ist, sucht die App das entsprechende Protein. Anschließend wird dem Benutzer ein Bild von der Proteinstruktur gezeigt. Darunter werden einige wichtige Informationen zu dem Molekül aufgelistet, z.B. der vollständige Name und die PubMed ID.

Nach einem ersten Release, das bald kommen wird, werde ich wohl noch Schnittstellen zu einigen anderen bioinformatisch relevanten Datenbanken einbauen, sowie die Suchergebnisseite erweitern.

Und nun noch ein paar Screenshots…

Das Suchformular:                                                                                       Eine Suchergebnisseite: