Was kostet ein Genom? Sequenzierungskosten im freien Fall


Bei genome.gov wurde vor einem Monat ein sehr interessanter Artikel über die Entwicklung der Kosten für DNA-Sequenzierung veröffentlicht. Wie die meisten wissen, sinken diese rapide. Wie schnell es aber geht, verdeutlicht diese Visualisierung:

Cost per Genome

Die Kurve ist beeindruckend! Man beachte außerdem, dass diese bereits logarithmisch aufgetragen wurde.

Ich denke hier wird ganz deutlich, dass wir uns schnellstens darauf einstellen sollten, dass eine vollständige Sequenzierung des eigenen Genoms bald für jeden in der westlichen Welt zu haben sein wird. Das bringt neben einigen ethischen Implikationen vor allem viele neue Möglichkeiten mit sich. Insbesondere für Bioinformatiker. ;-)



Eine sinnvolle Beschäftigung für die Semesterferien


Natürlich wird einem in den Semesterferien auch ohne sinnvolle Beschäftigung nie langweilig. Wer aber dennoch etwas lernen, Geld verdienen oder schon einmal Kontakte in die Geschäftswelt knüpfen will, für den gibt es jetzt richtig gute Neuigkeiten:

Es geht auch alles auf einmal!

Und zwar mit dem Unternehmensstipendium der Praxis Academy. Hier eine kurze Beschreibung:

*Wer wir sind?*
Der Campus of Excellence (COE), eine gemeinnützige Initiative von fast
100 Partnern unter der Schirmherrschaft des Bundesministeriums für
Bildung und Forschung, vergibt auch 2011 wieder Unternehmensstipendien.

*Was wir bieten?*
40 Studierende haben die Chance, in der Praxis Academy anspruchsvolle
Projekte in den Partnerunternehmen des COE zu bearbeiten (einheitliche
Vergütung 1500,- Euro). Studierende und Unternehmen werden dabei von
ausgewählten Experten fachwissenschaftlich begleitet, so dass die Praxis
Academy in Bachelor- und Masterstudiengängen mit 6 ECTS-Credits als
Leistungsnachweis ins Studium eingebracht werden kann (Dies ist jedoch
nur nach individueller Absprache mit der jeweiligen Studiengangsleitung
möglich).

Bisher sind erst wenige Projekte online, aber das Ganze hat ja auch noch etwas Zeit, denn die Praktika sollen vom 15.8. bis zum 30.09.2011 stattfinden. 1500 € für ein Praktikum von 1.5 Monaten ist eine anständige Bezahlung. Dass man dafür auch noch Credit Points bekommt - um so besser!

Für mich kommt eine Teilnahme leider nicht in Frage, da ich zu diesem Zeitpunkt in der Abschlussphase meiner Masterarbeit stecken werde. Sonst würde ich mich definitiv bewerben. (Die Bewerbungsphase geht übrigens vom 1.2. bis zum 15.3.)
Allen anderen viel Erfolg!

Eine tolle Alternative für Coder ist natürlich der Google Summer of Code (GSoC). Die Infos für den GSoC 2011 dürften bald online sein.



Was ein Bioinformatiker braucht


Gerade zu Beginn eines Bioinformatik-Studiums hat man normalerweise keine konkrete Vorstellung davon, welche Fähigkeiten man später im Beruf braucht. Natürlich muss man “Programmieren” können, aber das ist immer noch eine sehr vage Umschreibung.

Die Autoren Joel T. Dudley und Atul J. Butte haben sich für uns den Kopf darüber zerbrochen, welche Skills und Kenntnisse in der Bioinformatik aktuell gebraucht werden. Ihr Artikel bietet haufenweise Tips und verwertbare Informationen. Nicht nur für Anfänger eine nützliche Lektüre!



Saarbrücker Bioinformatik auf der CeBIT


Diese Woche findet in Hannover die alljährliche Computermesse CeBIT statt. Dort vertreten sind auch Mitarbeiter der Informatik der Saarland-Universität, u.a. einige Mitglieder des Zentrums für Bioinformatik (ZBI).

Dr. Andreas Hildebrandt und Anna Katharina Dehof, M.Sc., stellen dort BALLView vor.

BALLView ist eine Open Source Software zur Visualisierung von Proteinen. Ganz neu ist die Möglichkeit Proteine in 3D zu betrachten. Ermöglicht wird dies durch die Integration von Ray-Tracing-Algorithmen.

Hier zeigt sich mal wieder eine Seite der Bioinformatik, die mich immer besonders fasziniert hat:
Sie erzeugt wunderschöne Bilder.

Hier einige Beispiele:


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