Angewandte Bioinformatik - Spannender Artikel


Über Hackernews wurde ich auf einen wirklich spannenden Blogpost aufmerksam: Hier beschreibt ein Informatiker sehr interessant und zugänglich, wie es durch neueste Entwicklungen der Bioinformatik möglich wurde, die vermutlich einmalige Krankheit seines Sohnes aufzuklären.

Der Autor leistet wirklich Großartiges durch seine einfachen klaren Definitionen wissenschaftlicher Begriffe. Diese Lektüre ist absolut empfehlenswert für jeden, der sich für Bioinformatik im Allgemeinen interessiert. Insbesondere wer sich überlegt Computational Biology (oder etwas Verwandtes) zu studieren oder gerade in einem der ersten Semester steckt, sollte unbedingt reinschauen: Hier erfährt man, warum sich das Studium wirklich lohnt!



Neuer Master-Studiengang: Educational Technology


Psychologen und Informatiker zu Meistern der Bildungstechnologie

Im kommenden Wintersemester 2011/12 wird es an der Universität des Saarlandes wieder einen neuen Informatik-nahen Studiengang geben. Ab dem 1.10. kann man einen Master of Science in Educational Technology machen.

Der Studiengang ist nicht konsekutiv, das heißt, es gibt kein gleichnamiges Bachelorstudium, das inhaltlich die gleiche Ausrichtung hätte. Den Master in Bildungstechnologie kann machen, wer bereits einen Studienabschluss in einem Fach wie Psychologie oder Informatik u.ä. vorweisen kann. Auch Absolventen der diversen bildungswissenschaftlichen Studiengänge sind willkommen. Hier wird es also richtig interdisziplinär zugehen!

Inhaltlich soll es sowohl um bildungswissenschaftliche, als auch computerwissenschaftliche Methoden gehen. Konkretere Beispiele umfassen die Gestaltung virtueller Lernumgebungen oder die Erforschung des Wissenserwerbs in Zeiten
sozialer Netzwerke.

An der Ausbildung beteiligen werden sich neben den Fachrichtungen Informatik und Bildungswissenschaften auch das Deutsche Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz (DFKI), sowie die ebenfalls in Saarbrücken ansässige Hochschule für Technik und Wirtschaft (HTW).

Zukunftschancen durch Disruption

Wenn die ersten Absolventen des neuen Studiengangs in etwa 2 Jahren auf den Arbeitsmarkt kommen, werden sie genug zu tun haben. Bei der digitalen Abbildung unserer Umwelt gilt es im Bereich der Bildung und des Lernens noch viele schwierige Aufgaben zu lösen - und einen großen Markt zu erobern.  In Schulen und Universitäten hinkt man in Deutschland hinter anderen hoch entwickelten Ländern her, was die Nutzung der Vorteile der neuen Technologien angeht.

Aber nicht nur in Deutschland gibt es noch viel zu tun. Ein Beispiel dafür, dass richtig große Modernisierungen auch im internationalen Bildungsbereich noch möglich sind, ist die neueste Ankündigung von Amazon: Für seinen e-Reader Kindle wird es demnächst ein Ausleihprogramm für Fachbücher geben.
Der Kindle allein ist schon eine gewaltige Innovation und verkauft sich inzwischen auch in Deutschland super. Das nun geplante Programm wird es dem Kindle-Besitzer ermöglichen, sich beispielsweise ein Lehrbuch, dass er nur für eine bestimmte Vorlesung benötigt, auch nur für den Zeitraum der Vorlesung “auszuleihen”. Der Preis für die Ausleihe soll dabei bis zu 80% unter dem Verkaufspreis des “echten” Buchs liegen.
So wie dieses Modell Wissen preiswerter und flexibler verfügbar macht, werden hoffentlich noch viele Neuerungen zukünftigen Generationen von Lernern das Leben leichter machen.

Wer sich für Spekulationen über die bevorstehenden Umwälzungen des Bildungssystems durch das Internet interessiert (und gut Englisch kann), dem will ich folgenden Artikel ans Herz legen:



Master-Seminar: Pre-Docking Filter Based on Image Recognition


Dozent: PD Dr. Michael Hutter
Semester: Sommer ‘11

Das Masterseminar ist eine eigenartige Veranstaltungsform:
Obwohl die Form des Leistungsnachweises die Selbe ist, wie bei einem “normalen” Seminar, gibt es hier wesentlich mehr Punkte zu holen. (Kurz zur Form: Man muss einen eigenständig erarbeiteten Vortrag in Englisch über ein abgegrenztes Gebiet der Bioinformatik halten. Dabei schwankt die Vortragszeit je nach prüfendem Lehrstuhl zwischen 30 und 45 Minuten, plus weiteren 15 bis 25 Minuten Diskussion. Eine zusätzliche schriftliche Zusammenfassung wird in der Regel nicht verlangt.
So weit - so normal.)

Inhaltlich allerdings ist das Masterseminar etwas diffiziler: Man soll hier eine geplante Masterarbeit vorstellen. Es handelt sich also nicht um eine Form des Rigorosums, bei dem man eine bereits eingereichte Abschlussarbeit verteidigt. Das Masterseminar wird VOR Verfassen der Masterthesis gehalten - oder zumindest vor deren Abgabe.
Es wird erwartet, dass man sich in ein angemessen anspruchsvolles Themengebiet eingearbeitet hat. Außerdem soll man optimalerweise eigene Ideen entfaltet haben und die wesentlichen Lösungsansätze für eine erfolgreiche Anfertigung der Masterarbeit eruiert haben.

Wenn das mal nicht etwas schwammig klingt…
Diese Ungenauigkeit führt gerne dazu, dass das Seminar später gehalten wird als nötig - entweder weil der Student bummelt und die Prüfungssituation lieber noch aufschieben will, oder weil der Betreuer den Studenten vom Vortrag zu lange abhält, weil er so die Arbeitskraft des Studenten noch länger für seine Forschung einsetzen kann.
Wenn man als Student Letzteres vermeiden will, findet man bei Dr. Hutter garantiert eine gute Betreuung. Er übt auf niemanden Druck aus schneller zu arbeiten als er will und kann, und wenn man sich für den Vortrag bereit fühlt wird er einen auch nicht unnötigerweise davon abhalten.

Das Seminar macht mit seinen 12 Credit Points immerhin ein Zehntel des gesamten Masterpensums aus und sollte daher nicht auf die leichte Schulter genommen werden. Es wird erwartet, dass man optimalerweise folgende Punkte beachtet:

  • Einhalten der Zeitvorgaben (dazu gehört auch pünktliches Erscheinen, wobei u.a. das Setup des Beamers zu berücksichtigen ist)
  • Flüssiger, nicht zu schneller Vortragsstil
  • Übersichtlich ausgearbeitete Folien mit Angabe der Seitenzahl
  • Viele Bilder / Grafiken / Animationen, möglichst wenig Fließtext (lieber Stichpunkte)
  • Zentrale Grafiken und Zitate werden korrekt gekennzeichnet (die Lehrstühle haben da sehr unterschiedliche Vorlieben… einfach fragen!)
  • Erste Folie enthält Arbeitstitel, Veranstaltungsform, Semester, Institution, Betreuer und natürlich den Namen des Vortragenden
  • Zweite Folie enthält eine (sinnvolle!) Gliederung des darauf folgenden Vortrags
  • Die Gliederung besteht typischerweise in etwa aus folgenden Punkten: Einleitung | Problemstellung | Lösungsansatz | Ausblick
  • Letzte Folie enthält ggf. Acknowledgements und Überleitung zur anschließenden Diskussion
  • Nachdem mein Seminar als sehr gut bewertet wurde, enthalten die Folien sicher den ein oder anderen nützlichen Anhaltspunkt (auch wenn bei der Konvertierung in PDF einige Darstellungsfehler entstanden sind und eine Animation verloren gegangen ist): Download Masterseminar von Eva Kiszka (PDF)

Für die Diskussion ist es schwieriger allgemein gültige Tipps zu identifizieren.
Man sollte sich natürlich gut auf diesen wichtigen Teil der Prüfung vorbereiten, indem man zum Experten auf seinem Themengebiet wird, und indem man schon einmal überlegt, welche Fragen gestellt werden könnten. Wenn einem eine Frage einfällt, die man für sehr wahrscheinlich hält, kann es sogar Sinn machen, dafür eine zusätzliche Folie vorzubereiten, die man einfach hinten an seinen Vortrag anhängt und bei Bedarf zeigt.
Von einer Kommilitonin weiß ich, dass es gar nicht empfehlenswert ist, sich nach seinem Seminar bereits erleichtert hinzusetzen. Die Form sollte bis zum Abschluss der Diskussion gewahrt werden, und man sollte wie auch beim Vortrag vorne stehen bleiben.



Release: Open Source Collaboration geht mit Collabtive in die 0.7te Runde


Endlich gibt es eine neue Version der Projektmanagement-Software Collabtive.

Neues Collabtive Template

Version 0.7 hat insbesondere für Webdesigner, Werbeagenturen und alle anderen Schöngeister etwas sehr Interessantes zu bieten, denn es gibt ein neues Theme! Das dunkelblaue Standard-Theme, das vom professionellen Grafiker Marcus Fröhner entwickelt wurde, machte Collabtive schon immer zu einem Hingucker. Für die jenigen, die eine hellere Optik bevorzugen, gibt es nun eine Variation von “Standard” mit dem treffenden Namen “Winter”.

In Zukunft soll es noch weitere Farbvarianten geben, die in Null-Komma-Nichts installiert sind.

Die Screenshots, die im Folgenden zu sehen sind, wurden alle mit Winter aufgenommen. Hier schon einmal ein Eindruck:

Collaptve Collabitive 0.7 Winter Theme Template

Neue Funktionen

Auf vielfachen Wunsch hin gibt es nun eine Funktion, die einem das Leben leichter macht, wenn man mal wieder allzu menschlich war, und sein Passwort vergessen hat. Nun kann man es einfach auf ein zufälliges Passwort zurücksetzen lassen, und sich dieses per eMail zusenden.
Man muss sich allerdings noch seine hinterlegte eMail-Adresse erinnern. Wenn einem selbst das nicht gelingen will, führt kein Weg daran vorbei, den Admin zu belästigen und diesen um ein neues Passwort zu bitten.

Collabtive Passwort Vergessen ZurücksetzenCollabtive Passwort Vergessen Zurücksetzen

Ebenfalls eine Funktion, die viele Nutzer gerne haben wollten, ist der Projekte-Quickfinder.
Im Block auf der rechten Seite, in dem auch die Suche und die Onlineliste sind, gibt es nun ein zusätzliches Drop-Down-Menü mit der Überschrift “Projekte”. Hier werden alle Projekte angezeigt, die nicht abgeschlossen sind, und die der jeweils eingeloggte Besucher sehen darf. Wählt man nun eines der Projekte aus, wird man sofort auf die jeweilige Projektübersicht weitergeleitet. So bleibt einem öfter mal ein Klick erspart.

Collabtiv Quickfinder PHP Project management

Für den weniger geübten Internetnutzer wurde das Hochladen von Dateien verbessert: Hier gibt es nun eine Art Fortschrittsbalken. Dieser hilft vor allem, wenn man eine größere Datei hat und der Vorgang länger dauert. Denn nun sieht auch der unerfahrene User auf einen Blick, dass es noch keinen Anlass gibt, vor Ungeduld damit zu beginnen wild in der Anwendung herum zu klicken (wer kennt es nicht?).

Projektverwaltung Medien Agentur Werbeagentur Grafiker

Und zu guter Letzt möchte ich einmal auflisten, in welche Sprachen Collabtive schon übersetzt wurde. Ich glaube eine umfassende Liste wurde bis jetzt wirklich noch nirgends gepostet… Dieses Mal hat unsere Übersetzer-Community wirklich Großartiges geleistet, und wir sind stolz darauf, dass die überwiegende Zahl der entsprechenden Sprachdateien vollständig ist.

  • Albanisch
  • Arabisch
  • Bulgarisch
  • Katalanisch
  • Tschechisch
  • Dänisch
  • Deutsch
  • Griechisch
  • Englisch
  • Spanisch
  • Farsi / Persisch
  • Finnisch
  • Französisch
  • Galizisch
  • Kroatisch
  • Ungarisch
  • Italienisch
  • Japanisch
  • Litauisch
  • Norwegisch (Bokmal)
  • Niederländisch
  • Polnisch
  • Portugiesisch
  • Portugiesisch (Brasilien)
  • Rumänisch
  • Russisch
  • Schwedisch
  • Slovakisch
  • Slovenisch
  • Serbisch
  • Türkisch
  • Ukrainisch
  • Chinesisch

Wahnsinn, oder?
Und hier geht’s zur Projekt-Website: http://www.collabtive.o-dyn.de/?lang=de



Fahndung nach EHEC-Erreger nun auch in Saarbrüken


Obwohl das Frühlingswetter dieses Jahr regelrecht sommerlich daher kommt, verzichten viele Deutsche zur Zeit auf typische Sommersalate. Denn sowohl vor dem Verzehr roher Tomaten, Blattsalate, als auch Salatgurken wird gewarnt: Es droht eine Infektion mit einer besonders gefährlichen Variante von enterohämorrhagischen E. coli - kurz EHEC.

Bisher verlief die Suche nach der Infektionsquelle ergebnislos. Die Warnung vor den zuerst verdächtigten spanischen Gurken hat sich als voreilig entpuppt. Nun geht die Ursachenforschung also weiter. An ihr beteiligen sich nun auch Forscher des in Saarbrücken angesiedelten Max-Planck-Instituts für Informatik: Die Forschungsgruppe von Dr. Jan Baumbach will mit Methoden der Bioinformatik bei der Entwicklung von wirksamen Medikamenten gegen EHEC-Infektionen helfen.

Dazu kann man sich beim SR in der Online-Mediathek ein Interview mit Dr. Baumbach ansehen, das am 31.5. gesendet wurde. Der relevante Inhalt beginnt bei Minute 3:50.



Release: Fund-o-Mat 0.2


Gerade eben habe ich das zweite Release der Software für die Verwatung von Anträgen auf Forschungsgelder gemacht. Die neue Version bringt vor allem einige Bugfixes, die in vielen Serverumgebungen die Installation erst ermöglichen.

Hier ist die vollständige Liste der Neuerungen:

  • Kompatibilität mit MySQL 5.x hergestellt
  • Bugs gefixt, die u.U. die Installation verhindern konnten
  • Code aufgeräumt
  • Link zum Bearbeiten von Imports entfernt, da nicht benötigt
  • Versionsnummer im Footer hinzugefügt

Und hier geht’s zum direkten Download: http://fund-o-mat.googlecode.com/files/fund-o-mat02.zip



Bioinformatics 3


Dozenten: Prof. Dr. Volkhard Helms und Dr. Tihamér Geyer
Semester: Winter ‘10/’11
Website: http://gepard.bioinformatik.uni-saarland.de/teaching/ws-2010-11/bioinformatik-iii

Die beiden Dozenten hielten jeweils etwa die Hälfte der 22 Vorlesungen. Beide verstanden es sehr gut, den Stoff interessant und verständlich vorzutragen. Der Stoff von Bioinformatik 3 konzentriert sich auf integrierte Biologie und Systembiologie - Themen die ansonsten im Studium etwas zu kurz kommen. Hier erhält man eine solide Einführung in biologische Netzwerke sowie die Simulation biologischer Prozesse. Um den Stoff zu vertiefen, empfiehlt es sich Professor Helms Buch zum Thema zu kaufen:
Principles of Computational Cell Biology

Der Aufbau der Vorlesung entspricht weitgehend dem üblichen Schema einer 9-Punkte-Vorlesung:

  • 2x pro Woche gibt es 1,5 Stunden Vorlesung
  • 1x pro Woche gibt es ein Übungsblatt (allein oder zu zweit zu bearbeiten, 50% der Punkte zur Klausurzulassung benötigt)
  • 1x pro Woche gibt es ein Tutorial (dauerte meistens keine ganze Stunde, 1x Vorrechnen zur Klausurzulassung notwendig)
  • 1 Klausur zum Semesterende

Zusätzlich gab es über das Semester verteilt 4 so genannte Minitests. Diese entsprechen allerdings eher Teilklausuren, denn sie waren nicht nur relativ anspruchsvoll, sondern sie machen insgesamt auch die Hälfte der Endnote aus. Dabei zählen nur die 3 besten Noten.

Vom Aufwand her ist die Vorlesung angemessen. Für die Übungsblätter gibt es immer Einiges zu Programmieren. Dabei wird Python verwendet. Teilweise waren die wöchentlichen Aufgaben schon fast ein wenig zu viel. Wenigstens wurde vor den Minitests immer eine Übungsblatt-Pause eingelegt, so dass uns die Doppelbelastung Programmieren/Lernen erspart wurde. Die Tests und Klausuren waren vom Inhalt her sehr gut auf die Vorlesungen abgestimmt, das heißt also durch gute Vorbereitung leicht zu schaffen.

Insgesamt war es eine gut vorbereitete und strukturierte Vorlesung, die Spaß gemacht hat und definitiv empfehlenswert ist.

Interessanterweise wurden uns die Ergebnisse der Vorlesungsevaluation zur Verfügung gestellt.



Anträge verfassen macht keinen Spaß. Aber mit Fund-o-Mat geht es schon einmal schneller!


Und wieder ein neues Projekt: Ich stelle euch heute ein Verwaltungswerkzeug für Forschungsprojekte vor, das in Zusammenarbeit mit dem Deutschen Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz DFKI entwickelt wurde.

Forschungsinstitute arbeiten häufig mit anderen Forschungsgruppen und Firmen zusammen. Um diese Projekte zu organisieren, ist es notwendig zuerst einen Arbeitsplan aufzustellen. Solche Pläne werden auch von Institutionen, wie beispielsweise der DFG, verlangt, wenn man dort einen Antrag auf Förderung stellt.
Um ein Projekt zu definieren, unterteilt man es in Teilprojekte und untereinander verbundene Arbeitspakete. Das kann eine langwierige Angelegenheit werden, da komplexe Projekte schnell einmal mehr als 100 Komponenten enthalten. Darüber hinaus ist es schwierig, die Beiträge von den verschiedenen Projektpartnern konsistent zu halten.
Diese Probleme will Fund-o-Mat lösen.

Der Code basiert auf dem Open Source Projektverwaltungstool Collabtive 0.6.5, daher ist Fund-o-Mat webbasiert und unterstützt die verbreitetsten Browser, wodurch die Projektteilnehmer effektiv über das Internet zusammen arbeiten können. Besonderen Wert wurde auf intuitive Benutzerführung gelegt. Dieser Anspruch konnte durch die enge Zusammenarbeit mit Mitarbeitern des Forschungsbereichs Intelligente Benutzerschnittstellen (DFKI) realisiert werden.

Auf der Fund-o-Mat Projekt-Website gibt es natürlich noch mehr Infos.

Hier noch ein kleiner Screenshot als Vorgeschmack:
Dabei handelt es sich um eine Visualisierung der Baumstruktur des Projekts “Development of a WPD Maintaining Tool”. Die Teilprojekte werden eine Ebene tiefer eingerückt aufgelistet. Die Ansicht funktioniert wie ein Explorer, das heißt wenn man auf einen Pfeil klickt, wird die darunter liegende Ebene sichtbar. Bei “Required Use Cases” handelt es sich um ein Arbeitspaket. Alle Namen sind anklickbar und führen direkt zur Detailansicht des jeweiligen Elements.



Was kostet ein Genom? Sequenzierungskosten im freien Fall


Bei genome.gov wurde vor einem Monat ein sehr interessanter Artikel über die Entwicklung der Kosten für DNA-Sequenzierung veröffentlicht. Wie die meisten wissen, sinken diese rapide. Wie schnell es aber geht, verdeutlicht diese Visualisierung:

Cost per Genome

Die Kurve ist beeindruckend! Man beachte außerdem, dass diese bereits logarithmisch aufgetragen wurde.

Ich denke hier wird ganz deutlich, dass wir uns schnellstens darauf einstellen sollten, dass eine vollständige Sequenzierung des eigenen Genoms bald für jeden in der westlichen Welt zu haben sein wird. Das bringt neben einigen ethischen Implikationen vor allem viele neue Möglichkeiten mit sich. Insbesondere für Bioinformatiker. ;-)



Project Website for cmBot


I created a project website for my newly released Android app cmBot at SourceForge.
It will be filled with more content in the next weeks.

This is the address: http://code.google.com/p/cmbot/

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