UPDATE: Angewandte Bioinformatik - Spannender Artikel


In meinem letzten Post hatte ich auf Matt Mights Artikel “Hunting down my son’s killer” hingewiesen.

Jetzt gibt es in der New York Times ein Update:

One of a Kind
What do you do if your child has a condition that is new to science?

Inzwischen wurden mehrere Patienten gefunden, die an derselben Genmutation leiden, wie der Sohn von Matt Might. Dadurch wurde es möglich, die Krankheit in verschiedenen Ausprägungen zu untersuchen und ansatzweise ein Krankheitsbild zu beschreiben.

Das ist aber noch nicht alles! Einige der Betroffenen sind bereits in Behandlung. Natürlich sind die Therapien noch experimentell. Aber innerhalb eines so kurzen Zeitraums nach Entdeckung einer Krankheit, ist das ein enormer Fortschritt.

Matt Might hat sich übrigens sehr nett bei allen Lesern von Hacker News bedankt, die mitgeholfen haben, seine Geschichte und sein Anliegen zu verbreiten:

Thanks, HN: You helped discover a disease and save lives.

Two years ago, HN was the first to pick up on a post I wrote about my son’s preliminary diagnosis via experimental exome sequencing.
Two years ago, he was the only known NGLY1 deficient patient in the world.
By spreading the story, we’ve found 16 cases worldwide.
We’ve organized.
We’ve found preliminary treatments.
Clinical trials are in the pipeline.
In some cases, we’ve saved the lives of previously undiagnosed patients.
And, these children’s cells are turning into gold mines for the basic science of glycobiology.
From the bottom of my heart and on behalf of the entire small but optimistic NGLY1 community,
Thank you.



Angewandte Bioinformatik - Spannender Artikel


Über Hackernews wurde ich auf einen wirklich spannenden Blogpost aufmerksam: Hier beschreibt ein Informatiker sehr interessant und zugänglich, wie es durch neueste Entwicklungen der Bioinformatik möglich wurde, die vermutlich einmalige Krankheit seines Sohnes aufzuklären.

Der Autor leistet wirklich Großartiges durch seine einfachen klaren Definitionen wissenschaftlicher Begriffe. Diese Lektüre ist absolut empfehlenswert für jeden, der sich für Bioinformatik im Allgemeinen interessiert. Insbesondere wer sich überlegt Computational Biology (oder etwas Verwandtes) zu studieren oder gerade in einem der ersten Semester steckt, sollte unbedingt reinschauen: Hier erfährt man, warum sich das Studium wirklich lohnt!



Neuer Master-Studiengang: Educational Technology


Psychologen und Informatiker zu Meistern der Bildungstechnologie

Im kommenden Wintersemester 2011/12 wird es an der Universität des Saarlandes wieder einen neuen Informatik-nahen Studiengang geben. Ab dem 1.10. kann man einen Master of Science in Educational Technology machen.

Der Studiengang ist nicht konsekutiv, das heißt, es gibt kein gleichnamiges Bachelorstudium, das inhaltlich die gleiche Ausrichtung hätte. Den Master in Bildungstechnologie kann machen, wer bereits einen Studienabschluss in einem Fach wie Psychologie oder Informatik u.ä. vorweisen kann. Auch Absolventen der diversen bildungswissenschaftlichen Studiengänge sind willkommen. Hier wird es also richtig interdisziplinär zugehen!

Inhaltlich soll es sowohl um bildungswissenschaftliche, als auch computerwissenschaftliche Methoden gehen. Konkretere Beispiele umfassen die Gestaltung virtueller Lernumgebungen oder die Erforschung des Wissenserwerbs in Zeiten
sozialer Netzwerke.

An der Ausbildung beteiligen werden sich neben den Fachrichtungen Informatik und Bildungswissenschaften auch das Deutsche Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz (DFKI), sowie die ebenfalls in Saarbrücken ansässige Hochschule für Technik und Wirtschaft (HTW).

Zukunftschancen durch Disruption

Wenn die ersten Absolventen des neuen Studiengangs in etwa 2 Jahren auf den Arbeitsmarkt kommen, werden sie genug zu tun haben. Bei der digitalen Abbildung unserer Umwelt gilt es im Bereich der Bildung und des Lernens noch viele schwierige Aufgaben zu lösen - und einen großen Markt zu erobern.  In Schulen und Universitäten hinkt man in Deutschland hinter anderen hoch entwickelten Ländern her, was die Nutzung der Vorteile der neuen Technologien angeht.

Aber nicht nur in Deutschland gibt es noch viel zu tun. Ein Beispiel dafür, dass richtig große Modernisierungen auch im internationalen Bildungsbereich noch möglich sind, ist die neueste Ankündigung von Amazon: Für seinen e-Reader Kindle wird es demnächst ein Ausleihprogramm für Fachbücher geben.
Der Kindle allein ist schon eine gewaltige Innovation und verkauft sich inzwischen auch in Deutschland super. Das nun geplante Programm wird es dem Kindle-Besitzer ermöglichen, sich beispielsweise ein Lehrbuch, dass er nur für eine bestimmte Vorlesung benötigt, auch nur für den Zeitraum der Vorlesung “auszuleihen”. Der Preis für die Ausleihe soll dabei bis zu 80% unter dem Verkaufspreis des “echten” Buchs liegen.
So wie dieses Modell Wissen preiswerter und flexibler verfügbar macht, werden hoffentlich noch viele Neuerungen zukünftigen Generationen von Lernern das Leben leichter machen.

Wer sich für Spekulationen über die bevorstehenden Umwälzungen des Bildungssystems durch das Internet interessiert (und gut Englisch kann), dem will ich folgenden Artikel ans Herz legen:



Master-Seminar: Pre-Docking Filter Based on Image Recognition


Dozent: PD Dr. Michael Hutter
Semester: Sommer ‘11

Das Masterseminar ist eine eigenartige Veranstaltungsform:
Obwohl die Form des Leistungsnachweises die Selbe ist, wie bei einem “normalen” Seminar, gibt es hier wesentlich mehr Punkte zu holen. (Kurz zur Form: Man muss einen eigenständig erarbeiteten Vortrag in Englisch über ein abgegrenztes Gebiet der Bioinformatik halten. Dabei schwankt die Vortragszeit je nach prüfendem Lehrstuhl zwischen 30 und 45 Minuten, plus weiteren 15 bis 25 Minuten Diskussion. Eine zusätzliche schriftliche Zusammenfassung wird in der Regel nicht verlangt.
So weit - so normal.)

Inhaltlich allerdings ist das Masterseminar etwas diffiziler: Man soll hier eine geplante Masterarbeit vorstellen. Es handelt sich also nicht um eine Form des Rigorosums, bei dem man eine bereits eingereichte Abschlussarbeit verteidigt. Das Masterseminar wird VOR Verfassen der Masterthesis gehalten - oder zumindest vor deren Abgabe.
Es wird erwartet, dass man sich in ein angemessen anspruchsvolles Themengebiet eingearbeitet hat. Außerdem soll man optimalerweise eigene Ideen entfaltet haben und die wesentlichen Lösungsansätze für eine erfolgreiche Anfertigung der Masterarbeit eruiert haben.

Wenn das mal nicht etwas schwammig klingt…
Diese Ungenauigkeit führt gerne dazu, dass das Seminar später gehalten wird als nötig - entweder weil der Student bummelt und die Prüfungssituation lieber noch aufschieben will, oder weil der Betreuer den Studenten vom Vortrag zu lange abhält, weil er so die Arbeitskraft des Studenten noch länger für seine Forschung einsetzen kann.
Wenn man als Student Letzteres vermeiden will, findet man bei Dr. Hutter garantiert eine gute Betreuung. Er übt auf niemanden Druck aus schneller zu arbeiten als er will und kann, und wenn man sich für den Vortrag bereit fühlt wird er einen auch nicht unnötigerweise davon abhalten.

Das Seminar macht mit seinen 12 Credit Points immerhin ein Zehntel des gesamten Masterpensums aus und sollte daher nicht auf die leichte Schulter genommen werden. Es wird erwartet, dass man optimalerweise folgende Punkte beachtet:

  • Einhalten der Zeitvorgaben (dazu gehört auch pünktliches Erscheinen, wobei u.a. das Setup des Beamers zu berücksichtigen ist)
  • Flüssiger, nicht zu schneller Vortragsstil
  • Übersichtlich ausgearbeitete Folien mit Angabe der Seitenzahl
  • Viele Bilder / Grafiken / Animationen, möglichst wenig Fließtext (lieber Stichpunkte)
  • Zentrale Grafiken und Zitate werden korrekt gekennzeichnet (die Lehrstühle haben da sehr unterschiedliche Vorlieben… einfach fragen!)
  • Erste Folie enthält Arbeitstitel, Veranstaltungsform, Semester, Institution, Betreuer und natürlich den Namen des Vortragenden
  • Zweite Folie enthält eine (sinnvolle!) Gliederung des darauf folgenden Vortrags
  • Die Gliederung besteht typischerweise in etwa aus folgenden Punkten: Einleitung | Problemstellung | Lösungsansatz | Ausblick
  • Letzte Folie enthält ggf. Acknowledgements und Überleitung zur anschließenden Diskussion
  • Nachdem mein Seminar als sehr gut bewertet wurde, enthalten die Folien sicher den ein oder anderen nützlichen Anhaltspunkt (auch wenn bei der Konvertierung in PDF einige Darstellungsfehler entstanden sind und eine Animation verloren gegangen ist): Download Masterseminar von Eva Kiszka (PDF)

Für die Diskussion ist es schwieriger allgemein gültige Tipps zu identifizieren.
Man sollte sich natürlich gut auf diesen wichtigen Teil der Prüfung vorbereiten, indem man zum Experten auf seinem Themengebiet wird, und indem man schon einmal überlegt, welche Fragen gestellt werden könnten. Wenn einem eine Frage einfällt, die man für sehr wahrscheinlich hält, kann es sogar Sinn machen, dafür eine zusätzliche Folie vorzubereiten, die man einfach hinten an seinen Vortrag anhängt und bei Bedarf zeigt.
Von einer Kommilitonin weiß ich, dass es gar nicht empfehlenswert ist, sich nach seinem Seminar bereits erleichtert hinzusetzen. Die Form sollte bis zum Abschluss der Diskussion gewahrt werden, und man sollte wie auch beim Vortrag vorne stehen bleiben.

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